学霸的模拟器系统 第175节

　　她猛地坐直身体，一把抢过林允宁手里的笔，眼神里重新燃起了光。

　　“我懂了！”

　　她的大脑开始飞速运转，立刻用自己熟悉的生物学语言重构了这个逻辑，“你的意思是，我们不是要去从头养大小白鼠，看它最后得了什么病。而是直接解剖一万只已经得了不同病症的小白鼠，通过对比它们的基因和生理指标，来反推出最开始是哪个基因出了问题？！”

　　“非常精准的比喻。”

　　林允宁笑了。

　　“天啊……”

　　程新竹的呼吸急促起来，她看着林允宁，像在看一个怪物，“你这个想法……简直是疯了！你把物理学的信息论，用到了蛋白质折叠上？”

　　“为什么不呢？”

　　“这……”

　　程新竹激动得说不出话，她站起身，在长椅前焦躁地来回踱步，嘴里不停地念叨着，“构象反向传播……最大似然路径……天啊，如果这个能成……”

　　周围路过的几个学生，都用看神经病一样的眼神看着这两个在长椅前手舞足蹈、嘴里念叨着无人能懂的词汇的亚裔年轻人。

　　最终，程新竹停下脚步，猛地转过身，双手抓住林允宁的肩膀，用力晃了晃。

　　“走！现在就去干！”

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　　两人分开后，林允宁直接去了克雷勒图书馆。

　　他在三楼找了个僻静的角落，把笔记本电脑接上电源。

　　桌子上，摊开着两本书。

　　一本是《Numerical Recipes in C》，另一本是David MacKay的《Information Theory， Inference， and Learning Algorithms》。

　　他戴上耳机，隔绝了周围的一切声音，开始将脑中那个疯狂的想法，翻译成一行行冰冷、精确的代码。

　　他没有从头造轮子，而是将之前为Aether开发的贝叶斯推断框架，进行了一次彻底的升级，将目标从“参数估计”，转向了“路径搜索”。

　　两天后，算法原型完成。

　　周五晚上，I-House的大厅。

　　林允宁和程新竹并排坐在那台嗡嗡作响的笔记本电脑前，神情专注。

　　“就用一千张图先试试，”

　　程新竹显得有些紧张，双手合十放在胸前，像是在祈祷，“要是这个再失败，我真的不知道该怎么办了。”

　　“不会的。”

　　林允宁的语气很平静，他打开终端，敲下了一行命令：

　　python pim_cc.py --data tau_subset_1k.dat --mode backward

　　按下回车。

　　笔记本的风扇开始发出微弱的嗡鸣声，屏幕上，进度条缓慢地向前移动。

　　时间一分一秒地过去。

　　程新竹紧张得不停地咬着自己的手指甲，眼睛死死盯着屏幕。

　　几个小时后，当时钟指向凌晨一点，进度条终于走到了100%。

　　一个Matplotlib绘图窗口，自动弹了出来。

　　窗口的背景是黑色的，上面散落着上千个白色的数据点，像一片杂乱的星空。

　　每一个点，都代表着一种蛋白质的“幽灵构象”。

　　程新竹屏住了呼吸。

　　下一秒，一条红色的细线，毫无征兆地出现在屏幕上。

　　它像一个技术高超的画师，灵巧地穿梭在那片星空中，将一个个看似毫无关联的、孤立的数据点，优雅地串联了起来。

　　最终，形成了一条平滑、连续、符合能量梯度下降的轨迹。

　　“成功了……”

　　程新竹捂住嘴，声音里带着一丝颤音。

　　那条红色的轨迹，就是他们梦寐以求的，蛋白质错误折叠的路径！

　　“等等，”

　　林允宁没有庆祝，他指着屏幕上那条轨迹的中间某个位置，“你看这里。”

　　他将那部分区域放大。

　　只见在那段平滑的轨迹上，有一个极其突兀的“尖峰”。

　　“这是什么？”

　　程新竹凑了过去。

　　“能量势垒。”

　　林允宁调出了轨迹对应的能量变化曲线，“蛋白质在折叠到这里时，需要克服一个巨大的能量障碍才能继续往下走。

　　“换句话说，这是一个能量极不稳定的‘过渡态’结构。”

　　他敲了几个命令，将这个过渡态对应的三维结构单独渲染了出来。

　　屏幕上，一个由无数原子构成的、结构极其扭曲的蛋白质模型，静静地悬浮着。

　　程新竹看着那个模型，呼吸猛地一滞。

　　“等等……这个形状……β折叠片在这里发生了致命的错位……它就像一个结构上的‘瓶颈’！”

　　她猛地抬起头，看着林允宁，眼神里爆发出难以置信的狂喜。

　　“它就是那个中间体，药物设计的完美靶点！”

　　林允宁冷静地看着屏幕，点了点头。

　　“而且，”

　　他指着能量曲线上另外几个稍小的尖峰，“很可能不只一个。”

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第143章 拓扑记忆（求订阅求月票）

　　程新竹看着屏幕上那条代表着希望的红色轨迹，激动得脸颊通红。

　　她恨不得现在就抱着笔记本冲回医学院，把这份结果拍在格林伯格教授的办公桌上。

　　“走！我们现在就去找我老板！”

　　她从椅子上弹起来，伸手就要去拔笔记本的电源，“有了这个，他肯定会把计算集群的权限还给我们！”

　　“等等。”

　　林允宁按住了她的手，摇了摇头。

　　“怎么了？”

　　程新竹不解地看着他，像一只刚要扑向毛线球却被按住爪子的小猫。

　　“现在还不够。”

　　林允宁的语气很平静，“这只是一千张图跑出来的初步结果，在格林伯格那种级别的学者眼里，这最多算是一个‘有趣的猜想’。

　　“他肯定会问一百个问题来质疑这个结果的可靠性：你的算法收敛性怎么样？对初始参数敏不敏感？有没有做过交叉验证？”

　　他看着程新竹，很认真地说：

　　“我们要么不做，要么就做一份让他无可辩驳的结果。

　　“我们需要用全部的数据，跑出完整的路径网络，并且找到所有关键的过渡态结构。

　　“我们要的不是一张地图草稿，而是一份完整的、带有等高线和地标的全景图。”

　　程新竹脸上的兴奋慢慢冷却下来，她知道林允宁说得对。

　　在学术界，一个初步的、漂亮的结果，和一份扎实的、经过反复验证的工作，分量完全不同。

　　“可我们没有计算资源了，”

　　她垮下脸，声音又小了下去，“那台Beowulf集群，一个节点的机时费就要好几十美元……”

　　“不需要集群。”

　　林允宁把笔记本转回来，“我优化了算法的核心，砍掉了所有不必要的计算。

　　“理论上，找一台你们实验室性能最好的台式机，比如做图像处理的那种戴尔工作站，大概一周时间，就能跑完。”

　　他打开一个文本文件，里面是几行简洁的命令行代码。

　　“这是启动脚本，所有参数我都设好了。

　　你只需要把数据路径改一下，然后敲回车就行。”

　　他把使用方法和注意事项仔细地教给程新竹。